Am 17. Juli 1999 eröffnete am Thomaskirchhof das "Sächsische Apothekenmuseum" mit Zeugnissen zur Geschichte des Apotheken- und Pharmaziewesens in Sachsen. Dazu gehören auch Privilegien, Taxen, Plastiken und Rezepturen. Schwerpunkt ist die Homöopathie, die Christian Friedrich Samuel Hahnemann in den Jahren 1811 bis 1821 in Leipzig begründete. Hahnemann wollte die homöopathische Arznei selbst herstellen, er besaß pharmazeutische und chemische Kenntnisse, jedoch gefiel die drei Apothekern nicht, da ausschließlich in Apotheken die Arznei hergestellt werden dürfe. So entstand im Jahre 1820 der "Leipziger Dispensierstreit". Schließlich einigte man sich darauf, dass er in Notfällen und auf dem Land die Arznei zubereiten dürfe. Später gründeten die drei Apotheker die Adler-Apotheke, jedoch nicht jene, die sich in der Hainstraße befindet. 1851 folgte die Bezeichnung "Homöopathische Dispensieranstalt der vereinigten Apotheker zu Leipzig" am Standort Thomaskirche.
In der DDR befand sich im Obergeschoss ein kleines Medizinmuseum, dass nach der Schließung der Apotheke im Jahr 1996 zum Museum ausgebaut wurde. Dem schließt sich das Restaurant Centralapotheke an. Das Gebäude wurde in den Jahren 1842 und 1843 im Stile des Klassizismus errichtet. Anfang der 1830er Jahre wurde der Vorgängerbau teilweise abgebrochen.

       

Die "Centralapotheke" befindet sich am Thomaskirchhof Ecke Burgstraße, gegenüber von Thomaskirche und Haus der Kirche.

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